E’ del 1479 la supplica del parroco di San Colombano Bassino de Cipelli a Gian Galeazzo Visconti di poter demolire la vecchia chiesa addossata alle mura del castello, troppo piccola, per costruirne una più ampia, dove sorge l’attuale chiesa. Quest’ultima subì numerose ristrutturazioni nel corso del tempo, non perdendo però l’impostazione architettonica originaria. All’interno, la chiesa presenta tre navate, divise da alte colonne. Lungo i lati si aprono le cappelle laterali, alcune delle quali di notevole interesse storico-artistico. Ne è un esempio la cappella del Rosario, costruita nel 1630 come atto di riconoscenza per la cessazione della pestilenza e decorata da pitture murali di Giovan Giacomo Garbelli e Paolo Caravaggio detto il Morello. La chiesa custodisce inoltre pregevoli dipinti del pittore cremonese Bernardino Campi (1579-1581), l’organo ottocentesco dei fratelli Bossi (1843, uno dei migliori d’Europa, recentemente restaurato) e quattro grandi tele sulla vita di San Colombano di Felice Vanelli (1992), autore anche delle porte bronzee del tempio.